南京农业大学是一所以农业和生命科学为优势和特色，农、理、经、管、工、文、法学多学科协调发展的教育部直属全国重点大学，是国家“211工程”重点建设大学、“985优势学科创新平台”和“双一流”建设高校。

学校前身可溯源至1902年三江师范学堂农学博物科和1914年私立金陵大学农科。从金陵大学农学院和中央大学农学院于1936年开始招收研究生算起，学校学位与研究生教育已有近90年的历史。1981年成为全国首批有权授予博士、硕士学位的单位之一。1999年，被教育部和国务院学位委员会授予“全国学位与研究生教育管理工作先进集体”。2000年6月经教育部批准建立研究生院，同年成为全国兽医专业学位研究生教育指导委员会秘书处挂靠单位。

学校具有良好的研究生培养条件和指导力量，全国第四轮学科评估结果中，作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理4个学科获评A+，公共管理、食品科学与工程、园艺学3个学科获评A类。有10个学科进入江苏高校优势学科建设工程。农业科学、植物与动物科学、环境生态学、生物与生物化学、工程学、微生物学、分子生物与遗传学、化学、药理学与毒理学、社会科学总论、临床医学等11个学科领域进入ESI学科排名全球前1%，其中农业科学、植物学与动物学进入前1‱，跻身世界顶尖学科行列。学校有17个博士后流动站、17个博士学位一级学科授权点、30个硕士学位一级学科授权点、21种专业学位授予权，培养研究生的学科专业涉及哲学、经济学、法学、文学、理学、工学、农学、医学和管理学等9个学科门类。有博士研究生指导教师833人，硕士研究生指导教师1284人。目前各类在校研究生12699人，其中博士研究生3709人、全日制学术型和专业学位硕士研究生7467人、非全日制研究生1523人。培养的研究生受到了用人单位的广泛好评，很多研究生在工作中做出了突出贡献，先后获得了12篇全国优秀博士学位论文和14篇提名奖。

现任领导：副校长、研究生院院长：董维春教授；常务副院长、学位办主任、学科办主任：吴巨友教授；党委研究生工作部部长、副院长：姚志友教授